Watch Dogs 2 nás zavede do San Francisca blízké budoucnosti s novým hlavním hrdinou a pokročilými způsoby hackování. Marcus Holloway je brilantní hacker, který se přidá k tajné hackerské skupině Dedsec, která hodlá vypnout bezpečností systém ctOS 2.0, aby zkorumpovaná vláda nemohla sledovat a kontrolovat utlačované občany.