Pokémon Crystal Version, které původně vyšla v roce 2000 pro Game Boy Color, přidala do série her s Pokémony nové prvky. Poprvé jste si mohli vybrat mezi mužskou a ženskou postavou. Bitvy konečně obsahovaly pořádné animace. Teď se Pokémon Crystal vrací, aby vás vrátila do regionu Johto, nebo vám umožnila jej poprvé navštívit.