Na Duhovém ostrově se děje cosi nevysvětlitelného. Jedině Paper Mario tomu může přijít na kloub a obnovit zašlé barvy ostrova s pomocí svého Malířského kladiva a silných bojových karet ve svém rukávu. Tyto nové strategické prvky, spolu se zábavným akčně dobrodružným herním stylem, ze hry činí jednu z nejbarevnějších akčních Paper Mario her vůbec.
