Hlavní hrdina se bude jmenovat Artyom - jako malý zažil apokalypsu na Zemi a nějak vzdáleně si pamatuje hromadnou paniku a útěk lidí do podzemí ruského metra, kde se přeživší od té doby zdržují. Artyom sní o tom, podívat se jednou na povrch, k čemuž mu ve hře musíte pomoct - a jakoby mimochodem zachránit lidskou rasu před zlými mutanty jménem Dark Ones.
