Hráči Far Cry 3 se ocitnou v kůži Jasona Brodyho, muže osamoceně stojícího na okraji světa na tajemném tropickém ostrově odříznutém od civilizace. V tomto brutálním ráji, kde zločin a násilí představují jediné jistoty, budou hráči rozhodovat, kdy a jakým způsobem se budou události hry vyvíjet.